媒眼西大
当前位置: 首页 > 媒眼西大 > 正文
【第一眼新闻】厉害了!全球首张家蚕超级泛基因组图谱在渝绘制成功
发布时间: 2022-10-10 00:00  作者: 卿一学 王琬迪 兰天  来源: 第一眼新闻   浏览次数:

近日,西南大学发布最新科研成果:家蚕基因组生物学国家重点实验室团队成功绘就出全球首张“家蚕超级泛基因组”图谱。同时,率先实现家蚕基因库数字化,为我国家蚕生物学乃至种质资源研究方面取得里程碑式成果。

家蚕,是重要的经济昆虫和新兴模式生物。对于家蚕基因的研究,仅有单一参考基因组及部分重测序,尚不足以支撑基因组变异和优良基因的深度挖掘,尤其对于分子育种具有显著局限。

西南大学代方银教授团队历时4年时间,收集了1078份不同的蚕种质资源,包括分布在各个地理区的野桑蚕资源,进行了深度筛选、测序,最终绘制出一个高精度的“家蚕超级泛基因组”图谱。而这“超级”二字,绝非浪得虚名。

西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室教授、博士生导师童晓玲告诉第1眼记者,“我们的样本材料超级大,涵盖了全球所有的主要蚕的资源;测序质量超级高,和原来的短读长(二代测序)相比,我们现在的三代长读长的测序长度可以提高到非常高的一个基因组信息的情况,所以,整个基因组的质量是超级高的。”

目前,该成果已在国际期刊《Nature Communications》上发表。这一“超级”基因组由545个长读长测序样本构成,不但成为全球家蚕基因组研究的首创,也是迄今动植物界中,最大样本的长读长泛基因组。可以说,它的出现就如同为家蚕基因研究提供了一本字典。

“没有现在的'泛基因组'之前,我们要完成一个功能基因组的研究,可能需要3到5年,甚至更长的时间。现在,可以像查字典的方式,可能在短短的几天、几个月以内,我们就可以完成这样的工作。就像我们的通讯设备,从2G、3G一下提升到了5G,”童晓玲如是说。

据了解,该基因组由ATCG四种碱基组成,类似于计算机的二进制编码。因此,获得了这些资源较为完整的基因信息,也就意味着可以构建“家蚕的数字基因库”,从而实现这一物种遗传信息的数字化,科学家们也就能更有针对性地对该物种进行育种设计。

在接受第1眼记者采访时,中国工程院院士向仲怀坦言,“以前我们传统的办法是靠杂交育种,但是靠这些东西,许多难的问题我们解决不了。现在我们有了这个'泛基因组',在信息化、数字化时代,就有一个改造改良蚕种的方案了。我是觉得,数字基因库是承先启后、开拓未来的一个基石。”

(第1眼-重庆广电记者 卿一学 王琬迪 特约记者 兰天)